La historia de los moriscos, como muchas historias, siempre viene acompañada de una serie de estructuras discursivas que definen las representaciones que se han tenido y se tienen del problema morisco. Dos figuras históricas han marcado el inicio de la historia de los moriscos: Hernando de Talavera y Francisco de Cisneros. Estos dos personajes se han presentado como paradigmáticos de las posturas posibles para con los nuevos convertidos de moros . Aparecen en Granada entre 1492 y 1502, cuando los granadinos van a pasar de ser musulmanes a cristianos nuevos, rompiendo así las capitulaciones por las que podían guardar su religión .
Entre los historiadores actuales se barajan dos perspectivas históricas opuestas . Por un lado, tendríamos un sacerdote que hizo todo lo posible por convertir a los musulmanes granadinos con métodos evangélicos a base de persuasión y por el otro un clérigo ambicioso que queriendo resultados rápidos optó por métodos drásticos que desembocaron en una conversión forzosa e inevitables rebeliones de moriscos en aquellos años. Los progresistas verían en ese proceso una oportunidad que no supo aprovechar España para sentar las bases de su historia moderna en la tolerancia y el progreso, mientras los retrógradas verían una imposibilidad natural de integrar un elemento extraño dentro de la unidad del cuerpo de la nación reencontrada. Esa dimensión histórica de la oposición clásica entre los dos personajes se revela en diferentes planos. Por ejemplo, en la transición entre mudejarismo medieval e intolerancia religiosa relacionada con la construcción del estado moderno español.
Caro Baroja fue uno de los historiadores que vieron en Talavera un símbolo del mudejarismo, es decir, la convivencia pacífica entre las diferentes comunidades religiosas con un mutuo respeto. Caro Baroja advierte asimimo que con Cisneros "las presiones tomaron un aire violento y organizó bautismos en masa, sin dilaciones ni escrúpulos" .

Existe una carta, fechada en 1496, por la que los Reyes Católicos se dirigen al corregidor de Granada Andrés Calderón para que éste junto con Fernando de Zafra, secretario real, Hernando de Talavera, arzobispo de Granada, e Iñigo López de Mendoza, capitán general del reino, viesen cual era el mejor modo para cobrar el servicio o impuesto general extraordinario que aquel año se impuso a los mudéjares granadinos. El documento aparte de nombrar a estos conocidos burócratas, representantes máximos del poder castellano en Granada, o sea, de los conquistadores, menciona también a los principales líderes del colaboracionismo mudéjar:

De estos el más destacado de todos era sin duda Çidi Yahya Alnayar, miembro de la Casa Real de Granada, hijo del Infante Aben Celín Abraen Alnayar, nieto del rey Yusuf IV, y por sí mismo, como algunos autores han afirmado, un tercer candidato al trono durante la guerra intestina que sacudió al reino de Granada en la época de su conquista2.

 En realidad, Yahya Alnayar (quien una vez convertido al cristianismo se llamaría don Pedro de Granada), fue un personaje decisivo y fundamental en la desintegración y desmoronamiento del poder político nazarí, y difícilmente se entendería el fenómeno tan rápido de la conquista de este reino, sin su actividad decidida y entusiasta —a veces guiada por la fatalidad de las circunstancias— en favor de los castellanos.